汉武帝向司马迁询问对李陵的看法，于是，司马迁说，李陵投降，是因为众寡不敌，又没有救兵，责任不在李陵身上。汉武帝认为司马迁有意替李陵庇护开脱，贬责汉武帝的爱姬李夫人的哥哥李广利。武帝得知司马迁在撰写史书，便要求查阅，并要求司马迁对汉朝的历史按自己的意愿做修改，司马迁不从，武帝大怒，投其下狱，司马迁始终不改初心，不负先父和作为史官的操守，宁受宫刑也要保历史真实。大约在征和二年，基本上完成了编撰工作。司马迁死后许多年，他的外孙杨恽才把这部五十二万多字的不朽名著公之于世。

史记是一部贯穿古今的通史，从上古的黄帝开始，一直写到汉武帝元狩元年，叙述了我国三千年左右的历史。史记序中写道，书有本纪十二篇，表十篇，书八篇，世家三十篇，列传七十篇，共一百三十篇。班固在汉书司马迁传中提到史记缺少十篇。三国魏张晏指出这十篇是景帝本纪武帝本纪礼书乐书律书汉兴以来将相年表日者列传三王世家龟策列传傅靳列传。后人大多数不同意张晏的说法，但史记残缺是确凿无疑的。今本史记也是一百三十篇，有少数篇章显然不是司马迁的手笔，汉元帝、成帝时的博士褚少孙补写过史记，今本史记中“褚先生曰”就是他的补作。史记取材相当广泛。当时社会上流传的世本国语国策秦记楚汉春秋诸子百家等著作和国家的文书档案，以及实地调查获取的材料，都是司马迁写作史记的重要材料来源。特别可贵的是，司马迁对搜集的材料做了认真地分析和选择，淘汰了一些无稽之谈。对一些不能弄清楚的问题，