村上通康辞世后，其遗下的儿子中，长子村上通年改继承得居氏、次子村上吉清庶出、三男又右卫门早故，因此由年仅七岁的四子村上通总承继家督之位，以长子和家族重臣村上吉继辅佐。

后来毛利家族和大友家族在筑前展开攻防战，基于河野家族和毛利家族的同盟以及自父亲村上通康以来和毛利家族的良好关系，村上通总率领来岛村上水军加入毛利家族一方。

然而，同时领军出战的能岛水军之主村上武吉却接受了大友宗麟的劝说，无视毛利家族下达的命令，自行将水军开往周防上关，导致来岛村上水军陷入独战大友水军的苦战困境，造成来岛水军极大的损失，此后来岛村上家族与能岛村上家族彻底反目。

再往后的木津川口之战，由于来岛村上家族多是信奉曹洞宗，村上通总对救援一向宗一事并不积极，仅由其家族重臣村上吉继出战；毛利家族方面则让村上武吉担任主将，率领三岛村上水军八百艘各式战船组成的船队出发，并在木津川口大败织田水军。

第二次木津川口之战时，三岛村上水军在木津川口为织田家族九鬼水军的铁甲船大败，使毛利家族痛失以往在水上的战斗优势；与此同时，河野家族也意图削减村上通总征收帆别钱的利益，要求上缴一部份给主家河野家族。

至此，村上通总自父辈以来对河野家族长年来的不满终于爆发；村上通总对河野家族家督之位有着潜在的渴望，对本有机会却又不再可能入手的利益有着最大的不甘与野心，对父亲本来有机会可继承为河野家族家督却不成，有着相当大的怨气。

尤其当时通总年纪仍小，所以更容易因为对事情的看法不成熟而有着自我判断黑白的刻板印象留存，而在心中潜藏了对河野家族的不忿，甚至有意愿替父亲夺来这家督之位！

村上通总联合风早郡的二神丰前守和来岛村上家族的村上吉高，向河野家族树起反旗，透过羽柴秀吉的使者接触织田家族，并且攻灭灵仙山城的中川家族和幸门城正冈家族，后二神丰前守意图袭杀野间郡高仙山城主池原通成，但是以失败告终。

于是，二神丰前守随即率军进攻高仙山城，但是再度兵败，只能投入来岛城依附村上通总；当时村上通总起兵，未得到重臣村上吉继的认同，以吉继为首的一部分家臣依然留在河野家族。

反叛没有持续多久，局势就发生急剧逆转；毛利家族为防因岛、能岛两家村上水军有与来岛村上水军相同的行为，便要求两家再度重申盟约，后联合出兵声讨来岛村上家族，同时以能岛村上家族为主攻入越智郡大岛、风早郡忽那岛和来岛村上家族交战。

尽管村上通总和二神重成一度击退来犯的毛利军队，但在因岛村上家族、河野家族也加入战局后，在兵力悬殊下村上通总先于惠良山城战败，后于当年六月，龙门城、灵仙山城相继陷落，连居城来岛城亦不保，走投无路的村上通总，只得通过羽柴秀吉正式向织田家族投诚。